质粒测序用什么仪器
⑴ 菌液测序和提质粒再测序有什么区别
从本质上看两者并无大的不同。所谓的菌液测序其实也是菌液中的质粒通过版PCR扩增后达权到一定的量后就可以和质粒一样用于测序仪测序了。但两者在操作上却有很多不同,毕竟不同的菌株质粒含量不一致,尤其拷贝数较低的菌液,PCR扩增的成功率不高,那测序的成功率也会降低,而且测序的在效长度也较低。所以除非质粒比较小或拷贝高,可以直接用菌液测序外,一般还是提质粒测序较为稳妥。
⑵ 常用的基因测序仪器有哪些生命科学知识在什么地方可以学习
在生物帮可以找到关于基因测序仪器的介绍,以实验方法和实验仪器的改进版为标志DNA测序技术迄今权经历了三代的发展;常用的五种基因测序仪器ABI 3730XL、ABI SOLID 、Illumina GA、ROCH-454和HeliScope,在那里有文档会对仪器进行比较,介绍的比较详细 有空可以去那儿( YIQI.www.bio1000.com/ )查看一下,在技术文档中,搜一下就可以找到了。
⑶ 为什么质粒和PCR产物需要拿去测序啊
质粒和PCR产物需要拿去测序有2个目的,一是验证插入序列的DNA序列是否无误。第二是看插入的方向和位置是否正确。如果做定量PCR用到质粒的话,一般是用来做标准曲线的。
聚合酶链式反应是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的最大特点,是能将微量的DNA大幅增加。因此,无论是化石中的古生物、历史人物的残骸,还是几十年前凶杀案中凶手所遗留的毛发、皮肤或血液,只要能分离出一丁点的DNA,就能用PCR加以放大,进行比对。这也是“微量证据”的威力之所在。由1983年美国Mullis首先提出设想,1985年由其发明了聚合酶链反应,即简易DNA扩增法,意味着PCR技术的真正诞生。到如今2013年,PCR已发展到第三代技术。1973 年,台籍科学家钱嘉韵,发现了稳定的Taq DNA聚合酶,为PCR技术发展也做出了基础性贡献。
PCR(聚合酶链式反应)是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链,低温(经常是60°C左右)时引物与单链按碱基互补配对的原则结合,再调温度至DNA聚合酶最适反应温度(72°C左右),DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。基于聚合酶制造的PCR仪实际就是一个温控设备,能在变性温度,复性温度,延伸温度之间很好地进行控制。
⑷ dna检测用到了什么仪器
测什么?
一般检测结果的医院用的多是荧光定量pcr仪,还有亲子鉴定,测序啊用的是测序仪。
测序仪又分为一代、二代和正在研究中的三代。
说多了你也不懂。
⑸ 高通量测序技术ngs用什么仪器
“普通的基因测序”抄应该是指“常规DNA测序”吧,是用Sanger法(也就是双脱氧法)进行测序的方法,目前非常普遍的是直接用ABI 3730xl 进行的自动测序,基本上可以做到600bp-800bp的读长。
高通量测序的概念其实是一个相对的概念,在2000年的时候,3700、MegaBace等仪器上的测序也是高通量测序,是相对手工测序或者跑平板胶来说的。
不过到2005年以后,高通量测序就改指第二代测序(Next generation sequencing),454、Solexa(后改为Illumina)和SOLiD等第二代测序,比3730等第一代测序的通量提高了成千上万倍,甚至上亿倍,所以称为高通量测序。
NGS的特点主要有:
1、通量高。一个RUN能产生500Mb-600Gb的数据量。
2、读长相对较短。454(约400-500bp),llumina(100-250bp),SOLiD(75-100)。
3、单位数据的成本非常低。现在很多项目测序的费用。已经非常低。生物信息分析成本变得更为重要了。
⑹ 为什么送去测序的片段要通过菌液,而不是直接拿PCR去测序
由于测序的仪器敏感度等原因,每家测序的要求不一样,收费也不一样。
一般版来说,测序的样本权可以是PCR产物,也可以是质粒。楼上说的有一定道理,但不是不能用PCR产物测序的理由。
要求你提供菌液,是因为他们的测序反应体系对质粒的溶液比较敏感,比如对EDTA,盐溶液的浓度等,所以干脆他们自己来提质粒。PCR产物也类似。他们不清楚你是如何做PCR的,也就不知道反应物当中有没有会抑制测序的成分。
⑺ 构建基因组dna illumina测序文库时可能用到哪些工具酶
在构建基因表抄达载体时要用到的工袭具酶有限制酶和DNA连接酶。
基因表达载体的构建(即目的基因与运载体结合)是实施基因工程的第二步,也是基因工程的核心。其构建目的是使目的基因能在受体细胞中稳定存在,并且可以遗传给下一代,同时,使目的基因能够表达和发挥作用。
过程:
首先要用一定的限制酶切割质粒,使质粒出现一个缺口,露出黏性末端。然后用同
一种限制酶切断目的基因,使其产生相同的黏性末端(部分限制性内切酶可切割出平末端,拥有相同效果)。将切下的目的基因的片段插入质粒的切口处,首先碱基互补配对结合,两个黏性末端吻合在一起,碱基之间形成氢键,再加入适量DNA连接酶,催化两条DNA链之间形成磷酸二酯键,从而将相邻的脱氧核糖核酸连接起来,形成一个重组DNA分子。如人的胰岛素基因就是通过这种方法与大肠杆菌中的质粒DNA分子结合,形成重组DNA分子(也叫重组质粒)的。
⑻ 我把连到质粒上的序列拿到生物公司去测序,老是出问题。我想问一下,他们一般是用什么方法测的
单测=单向测来序,你提供一种你的自PCR引物进行测序,可以使F或者R。
双测=双向测序,你提供你的F和R引物让它双向测序。这里双向测序涉及两次测序,需要两个反应一次是F一次是R,所以叫做两个反应。
当然你以后还会遇到一种叫做通用引物测序,这个是根据你的载体决定的,比如你想测LacZ启动子后面的序列,你可以用LacZ的通用引物
⑼ 质粒载体在DNA测序上有何用途
在DNA样品中的DNA序列分布匀称,没有复杂结构时,正常的单个测序反应能保证达到800Bases以上.但有一些DNA样品专立体结属构复杂(例如polyA/T/C/G,重复序列,GCrich等),造成聚合酶延伸反应终止,测序信号突然减弱或消失,或者是测序结果出现套峰等现象.
上述这样的情况,一般建议换用反向引物进行测序;或者是在结构序列之后设计合适的引物,反向覆盖结构序列.dna测序过程,其实是pcr的过程,你只要有足够的模板用于pcr反应就行,不一定要克隆到载体上。
当然,大多数都是克隆到载体上,因为你需要将待测dna递交给测序公司,位于载体上的dna可以保存在细菌中,方便运输,也方便测序公司进行扩增(培养菌,提质粒就行了),有时测序是需要重测的,一次不能测完,培养细菌扩增质粒是最简单的方法。
⑽ 我的质粒拿去测序,为什么正向测不出
反向测不需要正向引物,但它需要一个反向引物。其实测序也就是一个单向的回PCR反应,只是在反应体系中加答入了四种不同颜色染料(常用的是ET或BigDye)染过的ddNTP,当不同大小的片断在毛细管胶上通过荧光扫描器后,电脑会记录染料颜色,从而得出序列的。
正向测不通,可能是因为:
1、你的模板比较困难,比如GC含量局部比较高,形成发夹结构,或出现连续的G、C,也可能是连续的C、T。而生工一板要做384或96个反应,用的PCR条件是统一的,不可能兼顾到你的序列的特殊情况,因此你的序列PCR不出来
2、PCR纯化试剂盒有问题,可以考虑换纯化试剂盒。
3、测序时进样太多或太少
解决方法:
1、你可以试试用载体上的通用引物进行测序
2、已经设计出来的序列上设计一段引物,进行walking